Seit 2013 stellvertretender Leiter der Forschungsgruppe Amerika der Stiftung Wissenschaft und Politik (SWP) in Berlin, welche Bundestag und Bundesregierung in Fragen der Außen- und Sicherheitspolitik berät. Johannes Thimm forscht zur US-Außenpolitik und zu aktuellen politischen Entwicklungen in den transatlantischen Beziehungen. Im SWP-Podcast widmete er sich im Gespräch mit Nana Brink der US-Präsidentschaftswahl 2024 und beleuchtete, ob die Vorbild-Demokratie am Kipppunkt steht. Thimm war Fulbright-Stipendiat am Political Science Department der University of Washington in Seattle und Fox International Fellow am MacMillan Center for International and Area Studies an der Yale University in New Haven. 2009 wurde er an der Freien Universität Berlin promoviert.